部省合作协议明确了部省合作加快建设交通强国的工作目标及重点任务。根据协议，交通运输部将在交通强国建设试点、重大项目推进、重点领域改革、科技创新等方面加大支持力度，合作省份将加强组织领导、深化改革创新、强化要素保障。